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##         ~/stage_M2/2.code/pt2_telemetry_and_count/R_func/get_new_id.R
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##         ~/stage_M2/2.code/pt2_telemetry_and_count/R_func/make_prediction.R
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##         ~/stage_M2/2.code/pt2_telemetry_and_count/R_func/plot_PPC_Nmixture.R
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##         ~/stage_M2/2.code/pt2_telemetry_and_count/R_func/plot_prediction.R
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##         ~/stage_M2/2.code/pt2_telemetry_and_count/R_func/prepare_data_Nmix.R
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##         ~/stage_M2/2.code/pt2_telemetry_and_count/R_func/run_integrated_Nmix_RSF.R
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##         ~/stage_M2/2.code/pt2_telemetry_and_count/R_func/run_Nmixture.R
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##         ~/stage_M2/2.code/pt2_telemetry_and_count/R_func/run_RSF.R
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## visible FALSE

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -4.80 0.31 -5.43 -4.80 -4.21 1 4675
alpha[2, 1] 0.30 0.22 -0.13 0.31 0.73 1 49844
alpha[1, 2] -4.66 0.25 -5.15 -4.66 -4.19 1 2687
alpha[2, 2] 0.59 0.09 0.41 0.59 0.77 1 25128
alpha[1, 3] -4.03 0.28 -4.59 -4.03 -3.51 1 3898
alpha[2, 3] 0.80 0.22 0.38 0.80 1.25 1 21815
alpha[1, 4] -3.19 0.21 -3.62 -3.18 -2.78 1 1755
alpha[2, 4] 0.50 0.08 0.36 0.50 0.66 1 16948
beta[1] -0.10 0.24 -0.56 -0.10 0.38 1 1985
beta[2] -0.77 0.24 -1.25 -0.77 -0.31 1 5131
beta[3] -1.19 0.25 -1.70 -1.18 -0.72 1 5557

Goéland leucophée / Yellow-legged gull

Hors repro

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -4.97 0.18 -5.33 -4.97 -4.63 1.02 131
alpha[2, 1] 0.70 0.03 0.65 0.70 0.76 1.00 13848
alpha[1, 2] -5.86 0.19 -6.25 -5.86 -5.50 1.02 305
alpha[2, 2] 0.75 0.05 0.65 0.75 0.86 1.00 16498
alpha[1, 3] -7.24 0.18 -7.61 -7.24 -6.89 1.02 152
alpha[2, 3] 1.05 0.03 1.00 1.05 1.11 1.00 7764
beta[1] 7.02 0.20 6.64 7.02 7.41 1.02 371
beta[2] -1.14 0.13 -1.39 -1.14 -0.90 1.00 7534
beta[3] -0.63 0.21 -1.05 -0.63 -0.22 1.00 5841
beta[4] -0.71 0.24 -1.18 -0.71 -0.24 1.00 7151
beta[5] -0.01 0.11 -0.22 -0.01 0.21 1.00 6767
beta[6] -0.45 0.12 -0.69 -0.45 -0.20 1.00 7601
beta[7] 1.11 0.23 0.65 1.11 1.55 1.00 6899

Repro

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -5.36 0.19 -5.79 -5.35 -5.01 1.02 124
alpha[2, 1] 0.46 0.02 0.42 0.46 0.50 1.00 18981
alpha[1, 2] -6.08 0.19 -6.50 -6.07 -5.72 1.02 122
alpha[2, 2] 0.19 0.01 0.17 0.19 0.22 1.00 31875
alpha[1, 3] -5.59 0.20 -6.02 -5.58 -5.23 1.02 143
alpha[2, 3] 0.11 0.04 0.04 0.11 0.18 1.00 29122
beta[1] 6.81 0.20 6.44 6.81 7.25 1.02 201
beta[2] -0.58 0.09 -0.75 -0.58 -0.41 1.00 12715
beta[3] -0.85 0.17 -1.19 -0.85 -0.51 1.00 12343
beta[4] -0.34 0.08 -0.50 -0.34 -0.18 1.00 13215
beta[5] 0.95 0.17 0.60 0.95 1.28 1.00 12159

Mouette melanocephale

Hors repro

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -2.78 0.25 -3.28 -2.77 -2.28 1 875
alpha[2, 1] 0.27 0.08 0.11 0.27 0.43 1 13646
alpha[1, 2] -3.91 0.28 -4.48 -3.91 -3.36 1 1582
alpha[2, 2] 0.31 0.14 0.03 0.31 0.60 1 30989
alpha[1, 3] -4.66 0.26 -5.19 -4.66 -4.16 1 892
alpha[2, 3] 0.56 0.08 0.40 0.56 0.73 1 14495
beta[1] 2.75 0.26 2.25 2.74 3.26 1 839
beta[2] 0.04 0.20 -0.35 0.04 0.43 1 7422
beta[3] 0.24 0.13 -0.01 0.24 0.49 1 8128
beta[4] -0.96 0.27 -1.49 -0.96 -0.44 1 7402
beta[5] 1.07 0.25 0.59 1.07 1.56 1 7590

Repro

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -2.88 0.28 -3.47 -2.87 -2.37 1 982
alpha[2, 1] 0.17 0.08 0.00 0.17 0.33 1 19767
alpha[1, 2] -5.00 0.29 -5.62 -4.99 -4.45 1 1135
alpha[2, 2] 0.78 0.08 0.63 0.78 0.94 1 17541
beta[1] 2.19 0.28 1.68 2.18 2.77 1 1032
beta[2] -0.62 0.12 -0.86 -0.62 -0.39 1 11568

Mouette pygmée / Little gull

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -5.10 0.22 -5.54 -5.08 -4.72 1.07 133
alpha[2, 1] 0.02 0.02 -0.02 0.02 0.05 1.00 14742
alpha[1, 2] -8.23 0.23 -8.70 -8.21 -7.82 1.05 264
alpha[2, 2] 0.48 0.05 0.38 0.48 0.58 1.00 10225
beta[1] 7.30 0.24 6.87 7.29 7.79 1.05 422
beta[2] 1.24 0.25 0.76 1.24 1.73 1.00 4809
beta[3] -0.19 0.36 -0.89 -0.19 0.53 1.00 5277
beta[4] 0.20 0.29 -0.37 0.20 0.77 1.00 5213
beta[5] 0.10 0.22 -0.33 0.10 0.54 1.00 5368
beta[6] 0.60 0.32 -0.02 0.59 1.22 1.00 4947
beta[7] 0.47 0.26 -0.04 0.47 0.97 1.00 5193
beta[8] 0.00 0.37 -0.72 0.00 0.73 1.00 5302
beta[9] -1.06 0.39 -1.83 -1.06 -0.30 1.00 4754
beta[10] -0.22 0.24 -0.69 -0.22 0.26 1.00 5162
beta[11] 0.28 0.26 -0.23 0.29 0.79 1.00 5051

Mouette rieuse / Black-headed gull

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -3.64 0.43 -4.51 -3.63 -2.84 1.00 6129
alpha[2, 1] 1.13 0.20 0.75 1.12 1.54 1.00 6915
alpha[1, 2] -1.04 0.47 -1.99 -1.04 -0.12 1.00 7352
alpha[2, 2] 1.28 0.47 0.45 1.24 2.29 1.00 17109
alpha[1, 3] -3.29 0.38 -4.06 -3.28 -2.55 1.00 4098
alpha[2, 3] 0.62 0.15 0.35 0.61 0.92 1.00 14861
beta[1] -1.85 0.37 -2.58 -1.85 -1.13 1.01 2504
beta[2] -0.74 0.36 -1.45 -0.74 -0.03 1.00 3988
beta[3] -0.26 0.57 -1.42 -0.24 0.83 1.00 3718
beta[4] 0.32 0.46 -0.60 0.32 1.22 1.00 5287
beta[5] -0.84 0.44 -1.70 -0.84 0.03 1.00 4598

Océanite tempête / Storm petrel

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -2.30 0.34 -2.99 -2.30 -1.64 1.00 2876
alpha[2, 1] 0.12 0.17 -0.21 0.13 0.45 1.00 23187
alpha[1, 2] -2.92 0.35 -3.61 -2.91 -2.25 1.00 3047
alpha[2, 2] 0.42 0.16 0.11 0.41 0.73 1.00 22412
alpha[1, 3] -1.75 0.57 -2.86 -1.75 -0.61 1.00 7837
alpha[2, 3] 0.53 0.57 -0.56 0.51 1.70 1.00 35020
beta[1] -0.58 0.31 -1.17 -0.58 0.05 1.01 2421
beta[2] 1.11 0.30 0.52 1.10 1.71 1.00 5583
beta[3] 0.39 0.41 -0.39 0.38 1.20 1.00 5641
beta[4] 0.47 0.20 0.08 0.46 0.87 1.00 5414
beta[5] -0.06 0.29 -0.66 -0.06 0.49 1.00 5612
beta[6] -0.06 0.31 -0.67 -0.07 0.56 1.00 5437

Petits puffins / Small shearwaters

Hors repro

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -4.03 0.21 -4.48 -4.03 -3.65 1.09 309
alpha[2, 1] -0.22 0.04 -0.29 -0.22 -0.15 1.00 28951
alpha[1, 2] -4.31 0.22 -4.76 -4.30 -3.91 1.07 399
alpha[2, 2] 0.24 0.06 0.12 0.24 0.35 1.00 18264
alpha[1, 3] -5.64 0.21 -6.09 -5.63 -5.25 1.08 310
alpha[2, 3] 0.69 0.04 0.61 0.69 0.77 1.00 10319
beta[1] 4.31 0.24 3.87 4.30 4.79 1.07 578
beta[2] -0.17 0.18 -0.53 -0.17 0.17 1.00 7157
beta[3] -0.91 0.22 -1.35 -0.91 -0.48 1.00 4541
beta[4] 0.38 0.19 0.01 0.38 0.75 1.00 6744
beta[5] -0.55 0.14 -0.83 -0.55 -0.27 1.00 7768
beta[6] 0.98 0.20 0.59 0.98 1.39 1.00 4726

Repro

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -5.68 0.20 -6.10 -5.67 -5.32 1.03 207
alpha[2, 1] 0.56 0.02 0.52 0.56 0.60 1.00 17925
alpha[1, 2] -6.15 0.19 -6.56 -6.14 -5.79 1.04 198
alpha[2, 2] 0.42 0.02 0.39 0.42 0.46 1.00 22568
alpha[1, 3] -5.37 0.20 -5.79 -5.36 -4.99 1.03 304
alpha[2, 3] 0.13 0.05 0.02 0.13 0.23 1.00 24959
beta[1] 6.21 0.21 5.82 6.20 6.64 1.03 337
beta[2] 0.38 0.10 0.18 0.38 0.58 1.00 21749
beta[3] 0.82 0.13 0.56 0.82 1.09 1.00 20199

Pufin de Scopoli / Scopoli’s shearwaters

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -5.02 0.20 -5.44 -5.01 -4.64 1.01 466
alpha[2, 1] 0.01 0.04 -0.08 0.01 0.09 1.00 33184
alpha[1, 2] -5.18 0.20 -5.60 -5.18 -4.81 1.01 457
alpha[2, 2] 0.43 0.03 0.36 0.43 0.49 1.00 27460
alpha[1, 3] -4.80 0.28 -5.35 -4.79 -4.27 1.01 1788
alpha[2, 3] 0.62 0.15 0.33 0.62 0.93 1.00 23157
beta[1] 4.22 0.21 3.81 4.21 4.65 1.01 572
beta[2] -0.76 0.13 -1.01 -0.76 -0.51 1.00 10270
beta[3] -0.05 0.10 -0.25 -0.06 0.15 1.00 11183
beta[4] 1.86 0.16 1.55 1.86 2.18 1.00 10035
beta[5] -0.99 0.14 -1.26 -0.99 -0.72 1.00 9229

Sternes caugeks / Sandwich terns

Hors repro

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -3.53 0.23 -4.02 -3.53 -3.10 1.01 617
alpha[2, 1] 0.38 0.07 0.25 0.38 0.52 1.00 8354
alpha[1, 2] -3.61 0.29 -4.19 -3.60 -3.06 1.01 1486
alpha[2, 2] 0.33 0.13 0.07 0.33 0.59 1.00 20393
alpha[1, 3] -6.20 0.25 -6.71 -6.19 -5.73 1.01 760
alpha[2, 3] 0.54 0.09 0.36 0.54 0.73 1.00 16781
beta[1] 3.59 0.24 3.13 3.59 4.10 1.01 787
beta[2] 0.68 0.20 0.30 0.68 1.07 1.00 6736
beta[3] -0.19 0.24 -0.65 -0.19 0.28 1.00 5963
beta[4] -0.17 0.13 -0.44 -0.17 0.08 1.00 7903
beta[5] 0.49 0.17 0.16 0.49 0.82 1.00 6888
beta[6] -0.60 0.19 -0.97 -0.60 -0.24 1.00 7211

Repro

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -3.73 0.22 -4.16 -3.72 -3.31 1 725
alpha[2, 1] 0.81 0.05 0.71 0.81 0.91 1 11289
alpha[1, 2] -5.14 0.22 -5.57 -5.14 -4.71 1 713
alpha[2, 2] 0.60 0.04 0.53 0.60 0.68 1 14628
alpha[1, 3] -4.84 0.31 -5.45 -4.84 -4.25 1 2478
alpha[2, 3] 0.77 0.25 0.30 0.77 1.27 1 30648
beta[1] 2.15 0.25 1.66 2.15 2.65 1 949
beta[2] -0.38 0.29 -0.96 -0.38 0.19 1 4061
beta[3] 1.36 0.22 0.95 1.36 1.80 1 3754
beta[4] -0.71 0.31 -1.32 -0.70 -0.12 1 3444
beta[5] 0.00 0.24 -0.47 0.00 0.47 1 3227
beta[6] -0.82 0.17 -1.14 -0.82 -0.48 1 4351

Sterne pierregarin / Common tern

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -3.66 0.30 -4.28 -3.65 -3.11 1 1006
alpha[2, 1] 0.45 0.10 0.25 0.45 0.66 1 21122
alpha[1, 2] -3.82 0.29 -4.41 -3.81 -3.29 1 904
alpha[2, 2] 0.32 0.06 0.20 0.32 0.43 1 20691
beta[1] 1.69 0.30 1.14 1.68 2.31 1 1002
beta[2] -0.24 0.18 -0.59 -0.23 0.10 1 9241
beta[3] 0.27 0.16 -0.05 0.27 0.59 1 8956
beta[4] -0.81 0.21 -1.22 -0.80 -0.41 1 9571

Labbe

mean sd 2.5% 50% 97.5% Rhat n.eff
alpha[1, 1] -2.17 0.42 -3.06 -2.15 -1.39 1.02 776
alpha[2, 1] 0.45 0.13 0.21 0.45 0.70 1.00 24950
beta[1] 0.51 0.38 -0.17 0.49 1.33 1.02 744
beta[2] -0.52 0.31 -1.15 -0.51 0.06 1.00 3992
beta[3] -0.43 0.20 -0.83 -0.42 -0.04 1.00 4567
beta[4] 0.19 0.17 -0.14 0.19 0.53 1.00 4252
beta[5] -0.68 0.36 -1.39 -0.68 0.02 1.00 4424
beta[6] 0.44 0.37 -0.28 0.44 1.16 1.00 4357